حدد القانون رقم 12 لسنة 2020 في شأن الزراعة العضوية اختصاصات الهيئة العامة للرقابة والإشراف على الزراعة العضوية والإدارة العامة للزراعة العضوية، لتكونا السلطتين الرسميتين المكلفتين بمراقبة جميع الوحدات التي تطبق معايير الإنتاج العضوي في مصر.
وينص القانون على أن الهيئة تتولى الإشراف على الإنتاج الغذائي العضوي بعد مرحلة الحصاد، بينما تتولى الإدارة العامة الإشراف على الإنتاج العضوي من البداية حتى الحصاد، وذلك لضمان التوافق مع معايير الجودة.
وتتضمن اختصاصاتهما:
وضع معايير ومواصفات المدخلات والمنتجات العضوية والحيوية.
تحديد ضوابط فحص وتحليل المدخلات والمنتجات وتقدير مدى صلاحيتها، مع وضع علامات الجودة عليها.
تقديم المساعدات الإرشادية الفنية والعلمية للمزارعين والمصنعين في مجالات الزراعة العضوية.
وضع شروط الملصقات والشعارات والبطاقات الخاصة بالمنتجات العضوية أو الحيوية المتداولة محليًا.
وضع ضوابط استيراد وتصدير المدخلات والمنتجات العضوية أو الحيوية.
ويشمل القانون كل شخص طبيعي أو اعتباري يشارك في إنتاج أو تصنيع أو تجهيز أو تداول أو استيراد أو تصدير المدخلات والمنتجات العضوية، بالإضافة إلى وحدات الإنتاج العضوي المسجلة وجهات المطابقة المرخص لها، مع إلزامهم بالامتثال الكامل لما يصدر عن الهيئة والإدارة العامة للزراعة العضوية.
ويعرف القانون المنتجات العضوية أو الحيوية بأنها المواد التي تُنتج وتجَهز وتُصنع وتُتداول وفق أساليب متوافقة مع معايير وشروط الإنتاج العضوي النباتي والحيواني، فيما تعرف وحدات الإنتاج العضوي بأنها أي مزرعة أو مشروع إنتاجي لتعليب أو تغليف أو تجهيز المدخلات والمنتجات العضوية.